抗生素抗生素常被用来治疗细菌感染，但若使用不当，也可能带来真菌感染，引起口腔溃疡。这种情况在使用了广谱抗生素时更为多见。它们虽然对细菌的杀伤力强，但缺乏针对性，可大范围地破坏正常菌群，真菌趁机大量繁殖就会诱发各种口腔问题。因此，患者应在医生的指导下选用抗生素，并尽量选择有针对性的窄谱抗生素，并按疗程服用。
解热镇痛药布洛芬等药物多用于止痛、退烧，由于药物本身有一定的刺激性，因此也可能刺激口腔黏膜。尤其是发热时，患者的黏膜本就比较脆弱，如果服药时在口腔停留过久，易引起黏膜损伤，导致口腔溃疡。
漱口水出现某些口腔问题时需要使用具有一定抑菌作用的药用漱口水。果长期使用则可能引起口腔内菌群失调，引起口腔溃疡。这类漱口水应遵医嘱使用，如果相应的口腔疾病好转或痊愈应及时停用。
激素使用含有激素成分的哮喘喷剂后，如果没有及时用清水漱口，会令口腔内长期残留。如果滴完含激素的眼药水后没有及时按压内眼角1~2分钟，可能通过鼻泪管进入口腔。这两种情况都可能对口腔黏膜造成影响。长期频繁的激素刺激也可能让口腔黏膜受伤，增大出现口腔溃疡的风险。
润喉片很多人把华素片、银黄含片等润喉片当成缓解咽喉不适的常备药。其实，这种清凉的感觉是润喉片中薄荷、碘等成分的作用，它们可能影响口腔中的正常菌群，口腔黏膜会被刺激。
口腔黏膜具有修复功能，一般的口腔溃疡在一个礼拜左右会痊愈，如若长时间不自愈，应及时就诊，对症治疗。此外，溃疡期间应当注意口腔卫生，保持口腔清洁，尽量少吃刺激性食物，多吃新鲜的蔬菜和水果。
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